元气骑士开始因子需要先在主界面左上角任务栏接取挑战任务，完成通关后找警官交互解开因子运用权限，后续可通过刷新、兑换、联机配置等多种方法配置想要的挑战因子组合。

进入主基地房间后，找到屏幕左上角的任务图标，点击打开任务面板接取当日的挑战任务，接取成功后直接进入地牢闯关，完整通关该轮地牢关卡，通关结束返回基地，找到基地内的警官NPC完成任务结算，完成这一步之后，挑战因子功能正式解开，之后对局就可以携带挑战因子进入地牢冒险。未完成第一次挑战任务结算前，无法自在刷新和更换因子，只能运用体系固定分配的当日挑战因子。每天体系会固定提供一组公共挑战因子，全部玩家的初始因子组合保持一致，第一次通关该组因子对局可以领取对应的挑战奖励，重复运用同一套因子闯关不会再次发放奖励。

解开基础权限之后，想要更换自定义因子组合，继续和警官对话，选择更换挑战任务选项，每次更换消耗200宝石，每天拥有15次刷新上限，刷新之后会生成最新的挑战因子组合，选择合适的组合再次开始地牢即可生效。不少玩家会利用云存档机制，刷新前上传存档，刷差点理想因子就下载存档回退，避免宝石被无效消耗，减少资源浪费。工坊兑换机还可以运用挑战因子兑换券直接指定获取部分因子，该方法不受每天刷新次数限制，适合想要特定稀有因子的情况，单局对局内，在地牢初始房间有概率遇见警官援助NPC，和之交互能够随机额外追加壹个挑战因子，单局最多触发三次，当身上累计持有因子数量达到上限，该援助NPC将不会再出现。

联机玩法的因子开始逻辑和个人玩法存在明显不同差异，创建联机房间时，界面会出现骰子样式的因子按钮，房主点击骰子就可以无限不收费刷新挑战因子组合，不需要消耗宝石，也没有次数限制，配置完成后开始房间，全部参和联机的玩家都会套用这套选定的因子效果。超距离联机场景还可以额外叠加周挑战因子，周挑战因子能够和普通挑战因子共同生效，联机玩法因子持有数量上限相比个人玩法会有所提高，组队人数变多，关卡难度也会跟随因子同步上涨。需要留意部分因子效果互相冲突，同类负面、增益独特因子无法同时生效，组合的时候需要避开冲突组合，不然部分因子会直接失效，白白浪费因子位。

挑战因子会同时带来增益和负面效果，组合的时候需要结合人物天赋、武器类型综合考量，尽量规避会严重削弱生存能力的负面因子，利用正面因子放大人物输出，部分成就需要累计尝试足够多不同种类的挑战因子才可以解开，日常游玩可以多尝试刷新不同组合，丰盛因子收集进度。不管是个人还是联机，全部选定的挑战因子只会生效于当前这一局游戏，对局结束之后全部清空，下一次闯关需要从头配置因子，不会自动保留上一局的因子组合。